El Convenio de Panamá, establece en sus Artículos 9 al 19, la naturaleza, los objetivos, las atribuciones, la composición y el funcionamiento del Consejo Latinoamericano, el cual, es la máxima instancia del organismo y está integrado por un representante de cada Estado Miembro. Anualmente, celebra una reunión ministerial, precedida por una reunión preparatoria. Tiene, entre otras, las siguientes atribuciones: i) establecer las políticas generales y reglamentos de SELA y sus órganos; ii) decidir sobre la interpretación del Convenio Constitutivo, las enmiendas propuestas por los Estados miembros y adoptar las medidas necesarias para su ejecución; iii) considerar y aprobar los informes, las propuestas y el programa de trabajo de la Secretaría Permanente; iv) elegir y remover al Secretario Permanente; v) aprobar el presupuesto y los estados financieros del SELA; y vi) fijar las cuotas de los Estados miembros. El Consejo Latinoamericano también está facultado para aprobar posiciones y estrategias comunes de los Estados Miembros sobre temas económicos y sociales, tanto en organismos y foros internacionales como ante terceros países o agrupaciones de países.

Cuando se trata de las políticas generales, la interpretación y las propuestas de enmienda al Convenio Constitutivo del SELA, las decisiones del Consejo Latinoamericano se toman por consenso. Para las demás atribuciones, se toman por mayoría de dos tercios o por mayoría absoluta, cualquiera fuera la mayor.